Неясность этиологии неспецифического язвенного колита затрудняет их лечение. Применяемая в настоящее время терапия является по сути эмпирической, и поиски препаратов, обладающих антибактериальным, противовоспалительным и иммунодепрессивным действием, ведутся на основе распространенной теории возникновения обоих заболеваний, признающей ведущую роль антигенов кишечного происхождения, под воздействием которых происходит изменение реактивности и воспаление кишечника.