Антибиотики при клещевом энцефалите неэффективны. В качестве этиотропного лечения в ранние периоды болезни вводят специфический человеческий иммуноглобулин из расчёта 0,5 мл/кг в сутки в течение 2-3 дней. Проводят дегидратацию (25% раствор магния сульфата, маннитол, лазикс, 20% раствор глюкозы и др.) и дезинтоксикацию (раствор реамберина, реополиглюкин, альбумин).