Инкубационный период при клещевом энцефалите составляет от 7 до 21 дня, в среднем 10-14 дней. Заболевание начинается остро, обычно с подъёма температуры тела до 39-40 °С, появления сильной головной боли, озноба, жара, слабости, тошноты и рвоты. С первого дня болезни отмечают гиперемию лица, инъекцию сосудов склер, светобоязнь, боли в глазных яблоках, нередко в конечностях, пояснице.