Обычно первые симптомы синдрома Чедиака-Хигаши появляются у детей до 5-летнего возраста, а зачастую и сразу после рождения. При сборе анамнеза у таких детей необходимо обратить внимание на наличие с рождения депигментированной кожи (сходной с депигментацией при альбинизме, но с мозаичным распределением пигмента), светлых волос и голубых глаз, развитие вскоре после рождения аденопатии, гингивита, афтозного стоматита, гипергидроза, милиарной сыпи, желтухи, тяжелой и продолжительной пиодермии, повторных синопульмонарных инфекций, лихорадки, не связанной с текущими инфекциями.