Больные с хронической гранулематозной болезнью страдают тяжелыми рецидивирующими бактериальными и грибковыми инфекциями, которые в первую очередь поражают органы, контактирующие с внешней средой (легкие, желудочно-кишечный тракт, кожа и лимфоузлы, дренирующие эти органы). Далее вследствие гематогенного распространения инфекции могут страдать другие органы, наиболее часто это печень, кости, почки и головной мозг.