В различных условиях возникновения инфекций мочевыводящих путей преобладают Enterobacteriaceae, прежде всего Escherichia coli (до 90% исследований). Однако у госпитальных больных возрастает роль энтерококков, синегнойной палочки, клебсиеллы, протея. По данным многоцентровых исследований, структура микрофлоры мочи у детей с внебольничной инфекцией мочевыводящих путей однотипна, хотя этиологическая роль отдельных видов бактерий может существенно отличаться от средних показателей.